在室町时代，中国唐宋禅寺的清规已较完整地移植到日本，参照《百丈清规》、《禅苑清规》，制定约束寺僧修行和日常生活的仪规，任命禅林僧职管理禅刹。如曹洞宗出台的《典座教训》、《知事清规》、《众寮清规》等，均对首座、典座、监寺、直岁等的职责与规范以及寺中秩序作出了明确规定。此五山版《敕修百丈清规》为室町时代 ^[3] 室町时代（日语：むろまちじだい； 1336 年－1573 年），是日本历史中世时代的一个划分，名称源自于幕府设在京都的室町。由足利尊氏 1336 年建立幕府开始，结束于 1573 年织田信长废除将军足利义昭。 覆元刊本，日本曹洞僧領山英頓旧藏。

目录、敕书、敕修百丈清规叙（欧阳玄撰）

卷上、祝厘章第一、报恩章第二、报本章第三、尊祖章第四、住持章第五
卷下、两序章第六、大众章第七、节腊章第八、法器章第九

唐洪州百丈山故怀海禅师塔铭 (并序)、古清规序（杨亿撰）、崇宁清规序、咸淳清规序、至大清规序、加祖号跋（欧阳玄撰）、一山禅师书、跋、德辉重编跋

五山版是指从十三世纪中后期日本镰仓时期起，至十六世纪室町时代后期，以镰仓五山和京都五山为中心的版刻印本。它包括日本典籍和中国典籍。中国典籍既有内典，也有外典。五山版具有两方面的特点。一是五山版覆刻的汉籍四部书中，绝大多数是以中国宋元刊本为底本的，只有极少数是以明初刊本为底本的；二是五山版的雕版，主要是先后到达日本的中国刻工操刀的，其中以元人为主。