此为日本国立国会图书馆的藏彩色套印本。全书工含墨图十二卷（缺卷二），人文爵里七卷。收程氏所造名墨图案 383 图，其中彩色图版 29 幅。缺失的主要是舆图、物华、缁黄其中的部分页面。

程氏墨苑是明朝万历年间能和《方氏墨谱》并驾齐驱的一部墨谱书，虽然出版时间较《方氏墨谱》稍晚，但其规模之大及制作之精，又远超越《方氏墨谱》之上。其间有彩色墨图约五十幅，是《方氏墨谱》难以望其项背的，难怪郑振铎先生在劫中得此书，直呼 “此国宝也，人间恐无第二本。余慕之十馀年，未敢作购藏想，不意于劫中竟归余，诚奇缘也。”

郑振铎先生后来在日本尊经阁文库汉藉分类目录中看到有另一部彩色墨苑，他终究知道当时彩印之本必不止一二本。台湾师范大学艺术史研究所教授林丽江在研究晚明徽州墨商程君房与方于鲁时，曾经检视国内外图书馆所藏《程氏墨苑》共十九部，其中附有彩图的墨苑仅七部，包括郑振铎先生所藏后来捐赠中国国家图书馆的那一部以及尊经阁文库那一部，彩印本墨苑虽非孤本，而且所附彩图数量不一，但已属凤毛麟角，弥足珍贵。

彩印墨图的出现，应该是程、方两人较劲的结果，程君房为了不让方于鲁专美于前而创造出来的。程君房随然精于制墨之道，还将制墨技术传授于方于鲁，但方于鲁却早他一步将墨品供奉朝廷，献给万历皇帝使用，还编印《方氏墨谱》流传于市，大大提升其在制墨业的地位。除此之外，两个人还存有一些恩怨情仇，程君房会在出狱之后，努力编辑这部《墨苑》，务期超越《方氏墨谱》，是可想而知的事，而将墨图彩印，确是能够凸显其墨图品质的最佳方法。（介绍参考：故紙堆蠹魚）

第一、二卷：玄工。玄黄指代天地，“玄” 即天的代称。该卷主要收录了物、事、人神三方面的图像，多是与 “天” 相关的内容。

第三、四卷：舆图。“舆图” 即是地图，亦称 “舆地图”。此两卷所收录的内容多与地形有关。

第五、六卷：人官。人：动物之最灵者。《说文解字》：“人，天地之性，最贵者也。” 该部分着重诠释了天、地、人之间的关系。强调入的主体地位。

第七、八卷：物华。顾名思义，“物华” 即物的光华、精华，也可以理解为美好的景物。

第九、十卷：儒藏。儒藏为儒家诸书之统称，别于佛家之藏经，道家之道藏而言。此两卷所收录图像多是四书五经中脍炙人口的成语、俗语。

第十一、十二卷：缁黄。“缁黄” 乃僧道的代称。和尚穿缁服，道士带黄冠，故以此称，可引申为释道二教。卷中图像多是僧、道及其有关的故事。

附人文爵里七卷：程君房及其友人所写的诗文评赞等文字作品编成。

程大约（万历年间在世），字幼博，又名君房、士芳，岩寺人。号篠野，又号玄玄子、守玄居士、墨隐道人等，歙县岩镇人。制墨家，被誉为李廷跬后第一人。程大约二十四岁时捐资买得太学生的资格，并曾任鸿胪寺序班的小官，但因个性伉直，不久即离开官场，归里从事制墨业，店名初为 “还朴斋”，后改为 “墨宝斋”，其刻书处则称 “滋兰堂”。君房制墨，不受陈法约束，博取众家之长，讲究配方、用料、墨模，首创超漆烟墨制法。得意之作有：“玄元灵气”、“寥天一”、“重光’、“妙品”、“贝多”、“芗泽”、“百于榴”、“青玉案”、“合欢芳” 等，坚而有光，黝而能润，舐笔不胶，入纸不晕。董其昌在《程氏墨苑序》中亦言：“百年之后无君房，而有君房之墨；千年之后 无君房之墨，而有君房之名”。