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就国内而言，最早的版本是由南京胡承龙约在1593年刻成的“金陵本”，于1596年由李建元进疏、发行。胡承龙对这部伟大巨著的问世，建有不可磨灭的功绩，然而“初刻未工，行之不广”。至1603年，由夏良心、张鼎思序刊的江西本，刻印精良，并改正了金陵本的很多错误，同时也出现了一些新的错误。再次是1606年由杨道会、董其昌序刊的湖北本，它与石渠阁(梅墅烟萝阁)本、张朝瞒本，是照江西本翻刻的，但逊于江西本。不过石渠阁本和张朝瞒本保存下来不少。现许多图书馆所藏石渠阁本无扉页、牌记，常被人们误为江西原本。与张朝瞒版本相同的有金阊绿荫堂、文雅堂本，清畏堂本和五芝堂本。1640年由六有堂出版的钱蔚起本，是对江西版本经过比较仔细的校勘，精心刻印成的。它改正了不少原本的错误，同样也发生一些新的错误。它第一次对《本草纲目》附图进行全面改绘，并请当时最有名望的画工、刻工完成，但有的药图失真。1655年太和堂出版的《吴氏重刻本草纲目》，实际是钱蔚起本的原版，但经过吴毓昌认真校勘，又剜改了约二百处错误，而新出的错误不多，著名的四库全书本即是以它作底本。现存太和堂本也较多，后期印本字迹已不太清晰，有的甚至十分模糊，或残破空缺。

目前人民卫生出版社的本子应该比较全面。《本草纲目》（校点本）五十二卷 明•李时珍撰。人民卫生出版社1990.9四刷，据明万历三十一年癸卯（1603）夏良心、张鼎思等南昌初刊刻本为底本排印